阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。

　　将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒”号，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的“永恒”号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的吉良出现，解救了“永恒”号。

　　草薙号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝、阿斯兰这些“克莱恩派”的人，也与大天使号的众人再度见面。