在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——艾尔·达·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。

　　穆和吉良留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。

　　克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。

　　另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。