感应到克鲁泽的存在的吉良驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中,迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中;驾驶决战高达的伊扎克前来援救,却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮,将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁,克罗特战死。
在与克鲁泽的死斗中,吉良处于一边倒的不利局面,流星系统也被击毁。就在这时,吉良突然发现了逃生艇上的芙蕾,当两人行将见面时,逃生艇被天命高达的浮游炮击毁,芙蕾死亡。
草薙号和永恒号同时向创世纪开火,但由于相转移装甲的保护,创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金·杜埃要塞内部来破坏创世纪。
陷入疯狂的帕特利克·萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿,并开枪打伤了劝阻他的部下,最后被部下射杀。
雅金·杜埃的自爆系统被启动,然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金·杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射,却被卡嘉莉劝阻。
吉良与克鲁泽的死斗也终于到了最后。天命高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击,克鲁泽死亡。雅金·杜埃发生爆炸,创世纪同时发射,天命高达首当其冲,自由高达也被波及。
PLANT临时最高评议会发布了停战通告,战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。
在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下,阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的吉良。
——全剧终——
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